Traducido del inglés. Si algo no está claro, escríbenos.
Las dimensiones del área de radiación de tu(s) subwoofer(s) determinan el rango de frecuencias en el que tienen directividad. Se suele decir que el bajo es omnidireccional, pero eso solo es cierto para longitudes de onda más largas que la altura y/o el ancho de tu subwoofer o de tu arreglo de subwoofers. Mientras más larga la dimensión, más baja la frecuencia a la que el arreglo puede lograr algo de directividad. Esto no influye mucho con solo 2 subwoofers sencillos de 18", pero los efectos se notan más a medida que los arreglos de subwoofers crecen...
Dicho esto, el piso funciona en la práctica como un espejo para el bajo. Esto se llama radiación en medio espacio (half-space). El piso refleja 2 subs lado a lado y da la salida efectiva de un bloque de 4 subs en espacio completo. Los subs lado a lado le presentan una dimensión más grande al piso/espejo, y el efecto es que frecuencias un poco más bajas quedan contenidas y reflejadas por el piso.
La respuesta corta es que lado a lado da un rendimiento un poco mejor en frecuencias un poco más bajas. Apilarlos en vertical da un rendimiento un poco mejor en frecuencias un poco más altas. La consecuencia es que lado a lado da una cobertura horizontal un poco más angosta y apilar en vertical da una cobertura horizontal un poco más amplia.
Si tienes 4, apilarlos en cubo te va a dar el mejor resultado general. Ponerlos todos lado a lado empieza a angostar un poco el campo sonoro y no va a sonar tan fuerte de cerca, pero lo más probable es que dé una respuesta _un poco_ más profunda en el eje y a mayor distancia.