Las dimensiones del área radiante de tu(s) subwoofer(s) determinan el rango de frecuencias de su directividad. Se dice mucho que los graves son omnidireccionales, pero eso solo es cierto para longitudes de onda más largas que la altura y/o el ancho de tu subwoofer o array de subwoofers. Mientras más larga la dimensión, más baja la frecuencia a la que el array puede lograr algo de directividad. Esto no es un factor enorme con solo 2 subwoofers de 18" individuales, pero los efectos se vuelven más notorios conforme los arrays de subwoofers crecen...
Ahora bien, el piso es efectivamente un espejo para los graves. A esto se le llama radiación de medio espacio. 2 bajos lado a lado se reflejan en el piso para dar la salida efectiva de un bloque de 4 bajos en espacio completo. Los bajos lado a lado presentan una dimensión mayor al piso/espejo, y el efecto es que el piso contendrá y reflejará frecuencias ligeramente más bajas.
La respuesta corta es que lado a lado dará un desempeño ligeramente mejor en frecuencias ligeramente más bajas. Apilar verticalmente dará un desempeño ligeramente mejor en frecuencias ligeramente más altas. El corolario es que lado a lado dará una cobertura horizontal ligeramente más estrecha, y apilar verticalmente dará una cobertura horizontal ligeramente más amplia.
Si tienes 4, apilarlos en un cubo te dará el mejor resultado general. Ponerlos todos lado a lado empezará a estrechar un poco el campo sonoro, y de cerca no sonarán tan fuertes, pero es probable que den una respuesta _ligeramente_ más profunda en el eje y más lejos.