Puedes pasar la señal por los bajos hacia los medios, porque es la forma más fácil y consistente de llevar la señal a los dos juegos de cajas. No te vas a olvidar de ajustar el nivel de los bajos cuando ajustes el nivel de los medios (lo he visto pasar demasiadas veces). Si mezclas tus instrumentos con los bajos en un aux, eso es un requisito obvio para bajos alimentados por aux.
Si necesitas control separado del nivel de los subwoofers desde la mezcladora, puedes alimentar los bajos desde los auxes. (Usa siempre dos, nunca sumes tus bajos a mono.) Algo que NO debes hacer si alimentas los bajos con envíos aux es aplicar CUALQUIER filtro a las salidas aux. La señal que va a los bajos debe ser idéntica a la que va a los medios, y el único ajuste por separado debe ser el nivel.
Aquí tienes una infografía práctica que muestra una configuración recomendada para DJs que controlan su equipo principalmente desde una mezcladora de DJ y desde una consola de mezcla. Los ingenieros de sonido en vivo deben seguir las reglas estándar de estructura de ganancia en su consola.